在第六季中，宇宙小子与伙伴们意外卷入一场跨越维度的星际危机。一个名为“虚空之主”的神秘存在吞噬了多个星系的能量，导致时空裂缝频现。为了拯救家园，宇宙小子必须解锁隐藏在他体内的终极力量——宇宙之心。他与科学家露娜、机械师雷克斯和星际女战士卡雅组成临时联盟，穿越扭曲的星云和失落的文明遗迹，寻找传说中的“时空折叠仪”。途中，他们遭遇了虚空军团的无尽追杀，更发现宇宙小子的身世与虚空之主有着千丝万缕的联系。最终，在黑洞边缘的终极对决中，宇宙小子牺牲自我，用宇宙之心重塑了平衡，但代价是自己被永远困在时间闭环中。